Aus der Doku

Mein erster Eindruck ist, dass es nicht genügt, eine Group zu removen – da bleibt zu viel im Verborgenen gespeichert, es muss die entsprechende Mesh removed werden.

Objekt entfernen

Quelle: https://stackoverflow.com/a/43969571/1777526

remove entfernt Objekte immer nur von deren parent!

function removeObject(object) {
        var selectedObject = scene.getObjectByName(object.name);
        selectedObject.parent.remove( selectedObject );
    }

Aufruf:

removeObject(scene.getObjectByName("myName"));

Alle Sub-Objekte der Szene entfernen

Quelle: https://stackoverflow.com/a/29418147/1777526

Vorsicht: das entfernt nicht alle Objekte einer Szene rekursiv.

function removeAllObjects()  {
   for( var i = scene.children.length - 1; i >= 0; i--) { 
     obj = scene.children[i];
     scene.remove(obj); 
}

Aufruf:

removeAllObjects();