Der Klassiker bei der Verwendung von Eclipse (und mein Lieblingsaufreger, was dieses Tool angeht): Plötzlich, wie aus heiterem Himmel, sind die Fenster völlig verschoben, vertraute Fenster sind verschwunden und v.a. das Explorer-Fenster, welches sich immer am linken Rand befunden hat, ist dort nicht mehr. Die Lösung: Window -> Perspective -> Reset Perspective.